Denis
Dupuy

Docteur en sciences

Dotation du programme ATIP-Avenir - 2007

Une approche holistique du développement

En utilisant comme modèle le petit vers Caenorhabditis elegans, l’équipe de Denis Dupuy établit une cartographie complète de la régulation post-transcriptionnelle du développement.
La biologie des systèmes propose de contempler le vivant dans l’ensemble de sa complexité. Denis Dupuy emploie la richesse des données produites par le séquençage complet du génome du vers Caenorhabditis elegans et la puissance des méthodes post-génomiques pour en décrypter le développement, du gène jusqu’à l’organisme complet.

Soutenu par la Fondation pour la création de l’équipe Régulation de génome et évolution, le Dr Dupuy conduit un projet de grande ampleur : la création de la première base de données quantitative des régulations post-transcriptionnelles durant le développement de C. elegans. En effet, chez le vers comme chez l’homme, ces évènements qui affectent l’ARN messager (ARNm) sont critiques pour le développement de l’embryon puis pour le maintien de l’organisme.

L’équipe du Dr Dupuy se concentre sur deux aspects majeurs de cette régulation post-transcriptionnelle, à l’échelle du génome entier. Le premier concerne les microARN qui interagissent avec des ARNm et empêchent la production de la protéine correspondante. Les chercheurs observent les interactions pour 200 gènes à l’aide de protéines fluorescentes.

Le deuxième axe concerne l’épissage alternatif. Cette maturation particulière des ARNm interviendrait dans la régulation de 10 % environ des gènes de C. elegans.

Le système de sélection des vers mutants à l’aide d’antibiotiques, mis au point par l’équipe pour accélérer ses recherches, a déjà été adopté par plus de vingt groupes à travers le monde.

 

Denis Dupuy

Denis Dupuy s’intéresse aux phénomènes biologiques complexes depuis les débuts de sa carrière. Ses recherches de doctorat sur l’identification d’un gène de prédisposition à la schizophrénie sont transformées par l’avènement de l’ère génomique. Des méthodes pas à pas de la biologie moléculaire classique, il passe à l’analyse systématique du génome humain complet. Convaincu que les bases moléculaires du développement des animaux ne peuvent être appréhendées qu’en effectuant une caractérisation systématique des profils d’expression génétique, le Dr Dupuy cherche un bon modèle d’étude. Il le trouve auprès de Marc Vidal qu’il rejoint pour un stage post-doctoral autour du vers nématode Caenorhabditis elegans.


Son projet de cartographie de l’expression génétique à l’échelle du génome complet l’amène à développer des outils et stratégies innovantes. Ses travaux à l’Institut européen de chimie et de biologie de Bordeaux poursuivent la même veine, avec une emphase sur les programmes de régulation post-transcriptionnelle chez C. elegans. Depuis 2012, il anime également une équipe d’étudiants bordelais au concours iGEM.


d.dupuy@iecb.u-bordeaux.fr


 


 


 

  • 1998 – 2001Doctorat en sciences, Université Victor Segalen Bordeaux 2
  • 2002 – 2007Post-doctorat, sous la direction du Dr Marc Vidal, Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School, Boston (Etats-Unis)
  • 2007 Lauréat du programme Avenir de l’Inserm en partenariat avec la Fondation Bettencourt Schueller
  • Depuis 2008 Chef de l’unité Régulation de génome et évolution, Inserm/Institut européen de chimie et de biologie, Bordeaux
  • 2008Prix spécial Aquitaine de la Fondation pour la recherche médicale
  • Depuis 2011 Chargé de recherche de 1ère classe à l’Inserm